实验室实行“开放、竞争、联合、流动”的运行机制。每年从运行经费中拨出一定的经费作为开放专项基金，设置开放研究课题。广泛接受国内外学者来本实验室做研究工作，鼓励正在完成博士论文和已取得博士学位或相当水平的青年科学工作者来实验室工作。通过设立实验室开放基金，吸引其它高校及研究所造诣深、水平高、能力强的优秀人才来实验室工作，提高实验室的学术水平和科研能力，实现优势互补，学科融合。开放基金项目，遵照互利、成果和资源共享的原则进行合作。
     开放基金项目由实验室主任负责评审和立项工作，经学术委员会主任审批设立。其设立原则为：优先考虑学术水平，对国内外单位开放，部分对校内开放；项目属研究前沿，可拓展新学术方向；研究内容符合实验室研究与发展方向；有助于加强与外部的合作与交流。
     实验室平均每年设立开放课题6-7项，每项资助金额2-4万元。在五年评估期内已设立校内外开放基金35项，资助经费共计94万元，其中对外设立了13项，包括哈尔滨工业大学深圳研究生院、湖南大学、中南大学、山东大学、西安电子科技大学、西安科技大学、苏州大学、中国科学院深圳先进技术研究院等10余所高校，对内设立了22项。